Bắt đầu nội dung là kể về việc Shao Kahn gặp thất bại trong công việc chiếm lấy Nhân Gian tại phiên bản Mortal Kombat 3 hoặc có thể là một triều đại khác. Shao Kahn chạy về nghĩa địa thông qua cánh cổng càn khôn cùng với Quan Chi, và rủi thay hắn gặp ngay Raiden đang xiết chặt gọng kềm ở đó nên tình đồng minh của hắn bị đổ vỡ do Quan Chi đã mỉa mai Shao Khan về thất bại của ông ta (Quan Chi lúc đó nói rằng Shinnok sẽ không hài lòng trước thất bại lần này). Shao Kahn do đang thua trận lại nghe mỉa mai nên nổi điên và dùng cây búa có sẵn trong tay định hạ sát ngay Quan Chi về tội dám xấc láo với hắn, Raiden thấy Shao Kahn chuẩn bị làm một điều xấu nữa thì ông đã tung cho Shao Kahn ăn một phát trưởng bay ra phía cánh cổng càn khôn được mở sẵn từ lúc nãy... và từ đây mọi rắc rối bắt đầu nổi lên. Số là trong thời gian đấy tại thế giới của DC, đang diễn ra cuộc giao tranh ác liệt giữa Siêu nhân và tên Darkseid, Siêu nhân đánh bại Dardseid và mau chóng xuống giúp đỡ nốt Lex Luther trong công việc bảo vệ chính nghĩa. Và trong lúc này do thua trận, Darkseid tháo chạy bằng cách mở một cánh cổng trời dịch chuyển ra vũ trụ. Siêu Nhân thấy Darkseid định chạy chốn nên dùng mắt lazer tấn công Dardseid dồn dập khiến hắn bị văng dính vào cổng dịch chuyển, từ đây nó trùng với thời điểm gã trùm Shao Kahn bị Raiden tấn công. Cả hai kẻ này do bị dồn ép chặt vào chiếc cổng dịch và cổng càn khôn, đã mau chóng hoà lại thành một và khiến thế giới của hai phe Mortal Kombat và DC Univers kết nối với nhau làm mọi thứ trở nên đảo lộn hết, cuộc xâm lược của hai phe DC và Mortal Kombat bắt đầu trong sự điều khiển bằng Rage của hai kẻ xấu xa đã hoà lại thành một là Dark Kahn. Từ lúc này hai phe không phân biệt được chính tà và sai trái và đã tự coi nhau là những kẻ xâm lược luôn cho rằng là mình đúng, giao tranh nổ ra và cả hai phe đã phải trả giá cho sự nông nổi bởi sự điều khiển đó là lạm sát ngay cả những chiến hữu từng vào sinh ra tử của phe mình. Raiden và Siêu Nhân quá đau xót trước truyện trên, họ đã đối diện với Dark Kahn trong tình thế hiểm nghèo khó khăn. Bằng nỗ lực, họ đã thắng nhưng có cái gì đó không đúng đang diễn ra khi Dark Kahn bị tiêu diệt và cả hai thế giới tách ra và trở lại lúc ban đầu. Việc xáo trộn này đó là... Shao Kahn nằm lại thế giới của DC Universe và bị nghiền nát thành từng mảnh thuỷ tinh bay tới Phantom Zone và Darksein nằm lại thế giới của Mortal Kombat trong sự giam cầm tại Netherrealm thế chỗ của Quan Chi trước đó. Từ đây một sự khởi đầu định mệnh mới tại mảnh đất Mortal Kombat và thế giới DC Universe được bắt đầu....